Проверка отношения правдоподобия в Python

У меня проблемы с вычислением теста отношения правдоподобия в Python 2.7.

У меня есть две модели и соответствующие значения вероятности. Я полагаю, что правило для сравнения того, является ли модель L2 лучше, чем модель L1 (если модели тесно связаны), должно смотреть на -2 * log (L2 /L1).

Затем я хочу найти значение p для соответствующего -2 * log (L2 /L1) и связать его со значением для L2, предпочтительным для L1. Вот то, что я до сих пор:

import numpy as np
from scipy.stats import chisqprob

L1 = 467400. # log(likelihood) of my 1st fit
L2 = 467414. # log(likelihood) of my 2nd fit

LR = -2. * np.log(L2 / L1) # LR = -5.9905e-05

p = chisqprob(LR, 1) # L2 has 1 DoF more than L1

print 'p: %.30f' % p # p = 1.000000000000000000000000000000

five_sigma = 1 - scipy.special.erf(5 / np.sqrt(2.))                  :-)
print '5 sigma: %.30f' % five_sigma

five_sigma_check = 1 - 0.999999426696856                             :-(
print 'Check  : %.30f' % five_sigma_check

Однако я сталкиваюсь с двумя проблемами:

  • Мое значение p становится равным 1, когда я ожидал, что оно будет близко к 0.
  • Когда я использую формулу в строке, помеченной символом :-), чтобы найти, например, пять сигм, она отличается от значения, указанного в литературе - эта строка подсвечивается :-(. Мое значение для five_sigma_check взято из здесь .

Кто-нибудь может дать какой-нибудь совет, пожалуйста? Я относительно новичок в мире Python и статистики.

Спасибо.

7 голосов | спросил Sean Mooney 7 J000000Thursday16 2016, 17:48:51

1 ответ


0

Чтобы рассчитать отношение правдоподобия по логарифмическим правдоподобиям, используйте эту формулу:

from scipy.stats.distributions import chi2
def likelihood_ratio(llmin, llmax):
    return(2*(llmax-llmin))


LR = likelihood_ratio(L1,L2)


p = chi2.sf(LR, 1) # L2 has 1 DoF more than L1

print 'p: %.30f' % p 

# p: 0.000000121315450836607258011741
ответил C_Z_ 7 J000000Thursday16 2016, 18:06:59

Похожие вопросы

Популярные теги

security × 330linux × 316macos × 2827 × 268performance × 244command-line × 241sql-server × 235joomla-3.x × 222java × 189c++ × 186windows × 180cisco × 168bash × 158c# × 142gmail × 139arduino-uno × 139javascript × 134ssh × 133seo × 132mysql × 132