Есть ли способ читать и записывать файлы в памяти в R?

Я пытаюсь использовать R для анализа больших файлов последовательностей ДНК (файлов fastq, по несколько гигабайт каждый), но стандартный интерфейс R для этих файлов (ShortRead) должен читать весь файл сразу.Это не помещается в памяти, поэтому возникает ошибка.Есть ли способ, которым я могу прочитать несколько (тысяч) строк за раз, поместить их в файл в памяти, а затем использовать ShortRead для чтения из этого файла в памяти?Я ищу что-то вроде Perl IO :: Scalar для R.
7 голосов | спросил Ryan Thompson 8 12010vEurope/Moscow11bEurope/MoscowMon, 08 Nov 2010 19:40:39 +0300 2010, 19:40:39

0 ответов


Похожие вопросы

Популярные теги

security × 330linux × 316macos × 2827 × 268performance × 244command-line × 241sql-server × 235joomla-3.x × 222java × 189c++ × 186windows × 180cisco × 168bash × 158c# × 142gmail × 139arduino-uno × 139javascript × 134ssh × 133seo × 132mysql × 132