Сохраните таблицы отчетов и рисунки Rmarkdown в файл

Простой вопрос:

У меня есть скрипт Rmarkdown, в котором я генерирую таблицы и рисунки:

---
title: "test"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

```{r libraries}
library(knitr)
library(kableExtra)
library(ggplot2)
```


# Table
```{r print.table,warning=FALSE,message=FALSE}
df <- data.frame(id=LETTERS,value=1:26)
knitr::kable(df) %>% kable_styling()
```


# Figure
```{r print.params.table,warning=FALSE,message=FALSE}
ggplot(data=df,aes(x=id,y=value))+geom_point()
```

У меня вопрос, есть ли способ сохранить таблицы и рисунки в файлы (например, csv и pdf соответственно) из отчета html?

Я имею в виду, что я отправляю этот HTML-отчет сотруднику, и он хочет получить отдельную копию таблиц и рисунков без необходимости писать какие-либо строки кода. Включает ли Rmarkdown или knitr это в html-отчете в форме кнопки или мне нужно программно сохранять их в файлы?

4 голоса | спросил dan 23 J0000006Europe/Moscow 2017, 03:35:02

2 ответа


0

Если вы добавите параметр keep_md, файлы изображений будут храниться в вашем каталоге (например, в папке "xxx_file"), который вы можете отправить твоему коллеге. Но я не думаю, что есть вариант для таблиц.

---
title: "test"
output: 
  html_document:
      keep_md: true
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

```{r libraries}
library(knitr)
library(kableExtra)
library(ggplot2)
```


# Table
```{r print.table,warning=FALSE,message=FALSE}
df <- data.frame(id=LETTERS,value=1:26)
knitr::kable(df) %>% kable_styling()
```


# Figure
```{r print.params.table,warning=FALSE,message=FALSE}
ggplot(data=df,aes(x=id,y=value))+geom_point()
```
ответил Kota Mori 23 J0000006Europe/Moscow 2017, 20:38:55
0

Решение таблицы, которое я нашел, выглядит следующим образом:

library(knitr)
library(kableExtra)
library(here)
library(ggplot2)

df <- data.frame(id = LETTERS, value = 1:26)

df %>% kable(format = "latex", booktabs = TRUE) %>% 
  kable_styling() %>% 
  kable_as_image(filename = here("Tables", "test"), 
                 file_format = "jpeg", keep_pdf = F)

Вы также можете переключить keep_pdf в TRUE, чтобы таблицы были также в формате pdf.

ответил Felipe Mannshardt Oliveira 14 FriEurope/Moscow2018-12-14T15:40:07+03:00Europe/Moscow12bEurope/MoscowFri, 14 Dec 2018 15:40:07 +0300 2018, 15:40:07

Похожие вопросы

Популярные теги

security × 330linux × 316macos × 2827 × 268performance × 244command-line × 241sql-server × 235joomla-3.x × 222java × 189c++ × 186windows × 180cisco × 168bash × 158c# × 142gmail × 139arduino-uno × 139javascript × 134ssh × 133seo × 132mysql × 132